Tai savarankiška ir savanoriška, nesiekianti pelno visuomeninė organizacija, sprendžianti savivaldybių kontrolierių (savivaldybių kontrolės ir audito tarnybų) bendrąsias problemas, teikianti savo nariams paslaugas, koordinuojanti narių pagrindines funkcijas ir uždavinius, kryptingą veiklą, atstovaujanti narių bendriesiems interesams valstybės valdžios ir valdymo institucijose, užsienio valstybių ir kitose tarptautinėse organizacijose, formuojanti Savivaldybių kontrolierių asociacijos veiklos strategiją, stiprinanti vietos savivaldos finansinių išteklių naudojimo kontrolę, turto valdymo kontrolę ir užtikrinanti tinkamas savivaldybių išorės audito funkcijas.